(一)以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

(二)以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

(三)通过无偿让渡方式取得股权，具备规定情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；

(四)被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。

一、股权转让收入应当怎样确认

《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》第三条和第八条规定，股权转让收入的确认条件规定如下：

企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

对从事股权投资业务的企业（包括集团公司总部、创业投资企业等），其从被投资企业所分配的股息、红利以及股权转让收入，可以按规定的比例计算业务招待费扣除限额。

二、股权转让合同注意事项

1、明晰股权结构。在充分注意到前述法律问题后，应就被收购公司的股权结构作详尽了解。审慎调查，明晰股权结构是为了在签订股权转让合同时，合同各方均符合主体资格。避免当合同签订后却发现签约的对象其实不拥有股权的现象发生。2、资产评估。明晰股权结构，确认转让的份额后，应请国家认可具备资质的资产评估所对被收购公司的资产及权益进行评估，出具评估报告。3、确定股权转让总价。4、相互保证和承诺。股权转让合同的出让方应向受让方保证：(1)、其主体资格合法有出让股权的权利能力与行为能力；(2)、保证参与本次转让股权有关的活动中所提及的文件均合法有效；(3)、保证其转让的股权完整，未设定任何担保、抵押及其他第三方权益权利负担，如股权质押等；(4)、如股权转让合同中涉及土地使用权问题，出让方应当保证所拥有的土地使用权及房屋所有权均系经合法方式取得，并合法拥有，可以被依法自由转让；(5)、出让方应向受让方保证除已列举的债务外，无任何其他负债。同样，股权转让合同受让方也应向出让方作相应的保证：(1)、其主体资格合法，能独立承担受让股权所产生的合同权利义务或法律责任；(2)、保证支付股权转让的资金来源合法，有充分的履约资金及资产承担支付转让价款。5、确定转让条件。