一、如何处理工程合同纠纷案件

1．和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。

2．调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式，一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。

3．仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。

4．诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。

二、工程合同纠纷哪些法院具有管辖权

工程合同纠纷以下法院具有管辖权：工程合同纠纷应当按照不动产纠纷确定管辖，由工程所在地的人民法院进行管辖，一并可由被告住所地或者合同履行地人民法院进行管辖。

《民事诉讼法》第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

第三十四条，下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。

第三十五条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。

三、工程合同纠纷诉讼期限是多久

工程合同纠纷诉讼期限一般是三年，具体规定如下：

《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《中华人民共和国民法典》：第九章　诉讼时效　　第一百八十八条　向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。\n　　诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。