1、人民检察院立案侦查时认为属于直接受理侦查的案件，在审查起诉阶段发现属于其他机关管理的，按以下情形处理：

(1)属于监察机关管辖的，应当及时商监察机关办理。

(2)属于公安机关管辖，案件事实清楚，证据确实、充分，符合起诉条件的，可以直接起诉;事实不清、证据不足的，应当及时移送有管辖权的机关办理。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第三百五十七条

一、检察院不起诉是结案吗

检察院可以用决定不起诉而结案。具体情况如下：

1、刑事案件在审查起诉期间，如果案件事实不清，证据不足，检察院可以决定不起诉或退回公安机关补充侦查；

2、如果补充侦查后仍是证据不足，检察院应当决定不起诉；

3、取保候审后，检察院不起诉，案子就算了结了。

一、人民检察院审查起诉的步骤大致如下：

1、审查受理侦查机关移送的审查起诉的案件；

2、如果证据或其他材料不足的要求补充材料或者补充侦查；

3、对审查的案件，根据不同情形作出提起公诉或不起诉的决定；

4、案件经过公安机关侦查后，认为需要追究刑事责任的，由公安机关将案件移送人民检察院，人民检察院审查是否需要向人民法院提起公诉；

5、人民检察院经过审查案件后，可能就认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，符合起诉条件，决定向人民法院提起诉讼或者认为不具备起诉条件，不能向人民法院提起诉讼。

二、检察院的审查起诉期间的时间有：

1、人民检察院对于侦查机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月；

2、人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限；

3、对补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院也要重新计算审查起诉期限。

综上所述，检察院可以用决定不起诉而结案。具体情况有刑事案件在审查起诉期间，如果案件事实不清，证据不足，检察院可以决定不起诉或退回公安机关补充侦查；如果补充侦查后仍是证据不足，检察院应当决定不起诉；取保候审后，检察院不起诉，案子就算了结了。检察院的审查起诉期间的时间有人民检察院对于侦查机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月；人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限等。