罪犯认罪但是证据不足的，应当通过调查取证来寻找证据，并在证据充分时进行起诉处理，证据不足是不可以起诉的。按照《刑事诉讼法》的规定，检察机关享有不起诉决定权，它有三种情形，即无罪不诉、定罪不诉和存疑不诉。所谓定罪不诉就是对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院作出的不起诉决定。

一、不认罪不予起诉的原因

1、从保护犯罪嫌疑人正当权利的角度看，犯罪嫌疑人不认罪的案件，检察机关不应作定罪不诉。

检察机关作定罪不诉，说明公诉机关认为犯罪事实清楚，证据确凿充分，犯罪嫌疑人构成犯罪；而不认罪，则证明犯罪嫌疑人对该处理决定持否定性评价，控辩双方并未达成一致意见。此时，检察机关作出定罪不诉决定，事实上造成了犯罪嫌疑人的意见难以获得司法（法院）审查的救济程序。因为我国《刑事诉讼法》规定：检察机关作出定罪不起诉决定后，被不起诉人只能获得向检察机关的申诉权，而无法获得司法（法院）审查的救济权利。而对比下列两种情形的人，被不起诉人更应当获得司法审查的救济权利。

2、检察机关的定罪不起诉权本质上是一种程序性权力，检察机关要作出定罪不起诉的处理决定，程序上应当得到犯罪嫌疑人的自认。

《刑事诉讼法》12条规定：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”从刑事诉讼法这一规定的原则出发，检察机关不起诉中的定罪权，其本质是对刑事诉讼活动的终止，这种定罪权仅仅是一种程序性权力；这种定罪，尽管也有终极性，但由于未经法院审查确定，因此程序上必须得到犯罪嫌疑人的自认。犯罪嫌疑人不认罪，则表明它并不希望刑事诉讼程序在定罪的情形下而终结，检察机关强行作出定罪不起诉而终结刑事诉讼程序，事实上剥夺了犯罪嫌疑人获得司法（法院）救济的权利。

3、从刑事诉讼程序的正当性原则出发，检察机关不宜对不认罪的犯罪嫌疑人作出定罪不诉的决定。

刑事诉讼的目的是通过规范刑事诉讼正当程序来达到揭露犯罪、证实（认定）犯罪，从而惩治犯罪，保障人权。刑事诉讼程序的正当性要求在认定犯罪时，犯罪嫌疑人必须获得充分的辩护权，包括认证、辩解等权利。而现行刑事不起诉的程序设计上，显然未能达到一般刑事诉讼正当程序的要求，在认定犯罪时，犯罪嫌疑人的认证权、辩解权、聘请律师辩护权等基本诉讼权利均没有在法律上得到具体落实。因此，刑事不起诉程序，充其量仅仅是一种“简易程序”，犯罪嫌疑人与公诉机关的意见一致（均认为构成犯罪，或均认为不构成犯罪）时才能适用。犯罪嫌疑人不认罪的案件，公诉机关作出定罪不诉决定，由于控辩双方未能达成一致意见，这种定罪，因正当程序的缺失，不能做到法律（程序）上的公正，实践中往往难以服众。检察机关欲定其罪，则必须走“普通”程序，起诉后通过控辩双方公开的、充分的认证和辩论，请求人民法院作出定罪决定。