一、检察院没收违法所得怎么办

没收违法所得是按照下列程序执行的：

1．申请的提出：应由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院，向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。如被告人系在审理过程中死亡的，原审理法院也可受理申请。

2．法院审查、受理：法院对没收违法所得的申请，应在7日内审查完毕，决定是否受理。决定受理的，应在十五日内发出公告，公告期为六个月。公告范围：应在全国公开发行的报纸或法院的官方网站予以刊登，并在法院公告栏张贴、公示。如法院已掌握犯罪嫌疑人、被告人近亲属和其他利害关系人的联系方式的，应直接告知并记录在案。

3．犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人参加诉讼。上述人等应在公告期内申请参加诉讼，可以委托代理人。其他厉害关系人是指对申请没收的财产主张所有权的人。

4．审理。公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。根据不同情况，法院会作出没收或驳回申请的裁定。

5．终止审理情形：在审理没收违法所得过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。

二、违法所得是否扣除成本

违法行为属于一般的违法经营行为，其违法所得应当扣除成本。

1．相对人从事的不是违法经营行为，而是单纯的违法行为或者侵权行为。

2．相对人经营的产品属于其不能使用、收益的违法产品。

3．根据法律规定能够推出计算违法所得不扣除成本的含义。

三、对于违法所得如何处理

对于违法所得必须的处理方式如下：

1．应当予以追缴或者责令退赔；

2．对被害人的合法财产，应当及时返还；

3．违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。

4．没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

根据《中华人民共和国刑法》第六十四条犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

《中华人民共和国刑法》（2020修正）：第一编　总则 第四章　刑罚的具体运用 第一节　量刑　　　　第六十四条　犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。