一般是做资本公积处理。如果是超过协议的出资额应按负债处理。公司实际出资额大于注册资本是可以的，当实际出资额大于注册资本时可以通过以下方法处理：

1、可以通过增资扩股变更工商登记的注册资本信息，重新划分出资份额比例;

2、可以将超出注册资本的部分划为公司向股东借款，通过其他应付款核算。

一、公司注册资本

2006年新《公司法》实施后，注册公司最低注册资本为：

1.有限责任公司注册资本的最低限额为人民币3万元——新《公司法》第26条

2.一人有限责任公司注册资本最低限额为10万元，且股东应当一次缴足出资额——新《公司法》第59-64条

3.股份有限公司注册资本的最低限额为500万元——新《公司法》第81条

2006年《公司法》修改后取消了按照公司经营内容区分最低注册资本额的规定，将有限责任公司的最低注册资本从10万―50万元统一降至3万元，将股份有限公司的最低注册资本从原来的1000万元降至500万元。且没有采纳授权资本制，但却允许两种公司的资本都可以分期缴纳，而不必一次性缴足，只是要求全体股东的首次出资额不得低于注册资本的20%(首期出资额不得低于注册资本最低限额)，而其余部分必须在两年内缴足，其中投资公司可以在5年内缴足。2014年新《公司法》改实收资本验资制为核准制，仅存27类金融相关企业仍需验资注册资本。

出资比例结构方面，一是将工业产权扩大到整个知识产权，二是取消了无形财产出资比例的限制，而只是规定货币出资的金额不得低于注册资本的30%，更为重要的修改是根本改变了对股东出资的立法方式，以一个富有弹性的抽象标准“可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产”取代了原来机械、固化的全面列举式的规定，不仅实质性地扩大了股东出资的范围，而且充分地利用各种投资资源和社会财富，最大限度地满足股东和公司的投资需求。

二、认缴出资额和实缴出资额有什么区别

认缴出资额和实缴出资额的区别是：

1、认缴出资额是指公司各股东承诺应向公司缴纳的资本数额，各股东认缴的出资额之和在公司登记机关登记后就是公司的注册资本。认缴出资额应该在公司章程里明确记载；

2、实缴出资额就是各股东按照章程规定的出资额、出资方式、出资期限实际缴纳的出资额。实缴资本又称实收资本，即企业成立时各出资人实际缴纳的金额。我国法律规定，企业的实际出资额可以一次性缴纳，也可以分次、于期限内缴纳，所以实缴资本一般小于注册资本。

三、注册资本实缴公司倒闭了

注册资本是指有限公司、股份公司等营业执照上有注册资本额的企业来说的，你们申请工商登记的时候计划的出资额，多少你自己定，申请时不需要往银行存钱但是两年之内必须交齐。实收资本就是你要履行你两年出齐资金的承诺，要把资金存到银行，通过银行处资信证明或是通过会计师事务所出具验资报告来证明的注册资本确实应经存在银行，已经到位。认缴资本指的是个人独资企业在办理工商登记的时候承诺要出资的额度，但实际上不需要通过银行或是会计师事务所验资，因为个人独资企业的营业执照上没有注册资本。有注册资本的以出资额对公司事务付有限责任，没有注册资本的对公司事务付无限责任。需要注意的是，可以在工商局的企业年报中可以查看股东认缴资本和实缴资本。另外还是存在有些行业，规定是必须注册资金一次全部实缴的。例如银行，典当行，保险，贷款等。这是因为这些行业容易发生资金风险，需要能够保证自身的实力。有了认缴制，注册公司确实越来越容易了，但有多大的担当才能干多大的事业。根据公司的业务情况以及个人承受风险能力，选择合理注册资本要结合自身的情况，才能更好的帮助公司发展。