为加强股权转让个人所得税征收管理，国家税务总局日前下发通知明确，个人股权转让完成交易以后，负有财税纳税义务的转让方或有代扣代缴义务的受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

《个人所得税》第六条第五款规定，财产转让个人所得税的计算方式是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。《实施条例》第二十二条规定财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税;第十九条规定税法第六条第一款第五项所说的财产原值，对于有价证券，是指为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用。那么，什么是合理费用?法律没有明确的规定，一般是指为办理股权转让手续作出的必要开支。《个人所得税法》第三条第五款规定，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。

即：股权转让个人所得税额的计算公式为：个人所得税应纳税额=(股权转让收入-本金(原值)-合理费用)x20%

计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法如下：

(一)符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：

1、申报的自然人转让股权价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;

2、申报的自然人转让股权价格低于对应的净资产份额的;

3、申报的自然人转让股权价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的;

4、申报的自然人转让股权价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的;

5、经主管税务机关认定的其他情形。

(二)本条第一项所称正当理由，是指以下情形：

1、所投资企业连续三年以上(含三年)亏损;

2、因国家政策调整的原因而低价转让股权;

3、将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;

4、经主管税务机关认定的其他合理情形。

对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：

(一)参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。

(二)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。

(三)参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。

(四)纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。