一、自然人股东股权股权应当缴纳个人所得税

这里的依据是根据《中华人民共和国个人所得税法》(以下简称《个人所得税法》)第二条第九款和《个人所得税法实施条例》第八条第九款之规定，个人转让股权应当缴纳个人所得税。

二、自然人股东股权转让缴纳个人所得税的计算依据

1、有限责任公司的个人股东将本人持有的公司的股权转让给其他方，应当按照“财产转让所得”税目就其转让涉及的应纳税所得额缴纳个人所得税。

2、应纳税所得额及计算基础实际为个人股东转让股权的获利金额。根据《个人所得税》第6条第5款以及《个人所得税法实施条例》第22条的规定，个人股权转让以转让股权的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。这实际上就是指个人股东因股权转让的获利金额，或者说只有在溢价转让的情况下才需缴纳个人所得税。如果股权转让是平价转让或折价转让则不存在缴纳个人所得税的问题。

3、根据《个人所得税法》第3条第5款规定，个人转让股权所得的个人所得税税率为20%。因此，个人股东在股权溢价转让的情况下，个人所得税额的计算公式为：(股权转让收入-投资成本)×20%。

三、自然人股东因股权转让缴纳个人所得税的时间

根据2005年国家税务总局《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》(文号：国税函[2005]130号)的规定，对于股权转让合同已经履行完毕、股权也已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当缴纳个人所得税。

四、承债式股权转让(指转让方和受让方约定对某一时间节点之前的债权、债务由原股东承担,该时间节点之后的债权、债务由新股东承担的股权转让方式)时个人所得税的计算方式。

国家税务总局《关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》(文号：国税函[2007]244号)中明确规定：

1、公司原全体股东，通过签订股权转让协议，以转让公司全部资产方式将股权转让给新股东，协议约定时间以前的债权债务由原股东负责，协议约定时间以后的债权债务由新股东负责。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，原股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。

2、应纳税所得额的计算

(1)对于原股东取得转让收入后，根据持股比例先清收债权、归还债务后，再对每个股东进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：

应纳税所得额=(原股东股权转让总收入-原股东承担的债务总额+原股东所收回的债权总额-注册资本额-股权转让过程中的有关税费)×原股东持股比例。