当兼并企业的产品处在被兼并企业的上游或下游，是前后工序，或生产与销售之间的关系，则称这种兼并为纵向兼并，纵向兼并是一种经营单位向其产品的加工和销售各阶段的延伸。纵向兼并可能是兼并投入要素或原材料的生产企业，也可能是兼并最终生产和销售企业。

对于纵向兼并可以从两个不同方面进行理论解释，其中一个重要的理论是关于市场机制失灵和交易费用方面的。根据科斯(R·H·Coase)的观点，企业和市场是两种可以互相替代的资源配置机制，企业的主要特征是通过企业家而不是市场机制来配置资源，组织经济活动。企业内部经济活动的协调可以节约交易费用。交易费用是企业用于寻找贸易伙伴、订立合同、执行交易、讨价还价、监督违约行为并对之制裁等方面的费用支出。当市场的交易费用很高时，市场不再是协调经济活动和资源配置的一种有效方式，而应通过企业家将交易内部化来节约组织经济活动和配置资源的成本。当处于生产链上的企业进行纵向兼并，可以使部分生产经营活动在企业内部完成，而纵向兼并前，这些购买投入要素或销售产品等生产经营活动却要在市场上通过市场机制的作用来完成。当然，组织企业内部的经济活动也需要一定的费用，这种费用称为组织费用，随着纵向兼并的进一步进行，企业规模将越来越大，组织企业内部的经济活动的费用将随之增加，当企业规模扩大到一定程度时，组织费用的边际增加额与交易费用的边际减少额相等，公司就不会再通过纵向兼并扩大规模，因为再通过纵向兼并扩大规模，组织费用会更高，抵消因兼并而减少的交易费用，使企业得不偿失。所以，纵向兼并的边界条件应是企业边际交易费用节约额等于边际组织费用增加额。根据科斯的理论，在竞争市场条件下，实现纵向兼并的这种均衡能导致企业生产和分配的有效组织和资源的有效配置。威廉森(Willianson)发展了科斯的研究。在市场交易费用导致企业纵向兼并的假设下，威廉森分析了产生较高的市场交易费用和纵向兼并的因素，较侧重于人的因素，并把它与环境因素结合在一起解释市场机制的失灵。认为机会主义和有限理性是二个重要的人为因素。人的因素与不确定性等环境因素相互作用导致市场机制失灵，并用内部组织机制代替市场协调。这可以用技术性能复杂的产品生产来说明这一的理论。这类产品需经常重新设计，变换批量，其产品零部件的生产，相对于支配少数几家零部件生产者的市场规模，已属于大规模经济生产。这里，可以考虑三种不同的供货方案，即长期合同，短期合同和纵向兼并。长期合同所面临的主要问题是未来的不确定性，加之人们的有限理性，难以确定未来的各种非正常情况。签定一个包罗万象的，把所有意外事件都考虑进去的合同几乎是不可能的，至少在成本上不允许。因此，长期合同必须是不完备的，要为可能的讨价还价留有余地。短期合同优于长期合同之处，在于不确定环境中充分利用有限理性，作出决策。但是，在零部件产业需要拥有长期设备的情况下，短期合同是不合适的。而且，若前期合同的获利者比他的竞争对手具有某项成本优势，会在重签合同时给买者和供货者之间留下激烈竞争的余地。所以，在减少不确定性和减少讨价还价的前提下，纵向兼并更可取。内部组织允许作出适度的、一系列的决策，并能削弱机会主义影响。威廉森认为企业组织要具有复杂的等级制度，在这种组织中，管理人员和工人都遵循一定的雇佣合同，这样能促进以前交易对立各方更多的合作行为，个人成为企业内部组织的一小部分，个人的机会主义影响得到有效控制。组织内部的争论通过命令可以以较低的成本轻易解决，因此避免了企业之间出现的那种高成本的讨价

还价过程。较强的合作意识，加上有效的内部控制机制与决策，使纵向兼并在这种意义上比市场机制配置资源更有效。

纵向兼并的另一种理论认为通过纵向兼并可以获得较稳定的经营环境，包括确定的投入要素供给，或较确定的产品市场，以消除企业外环境中的部分不确定因素。按照传统的观点，在不存在节约费用问题的完全竞争市场体系中，企业似乎没有进行纵向兼并的必要，因为所有的投入品和产品都可以按市场所确定的价格购买和出售，但是，这种观点没有把竞争市场中的不确定因素考虑在内，但恰恰这种不确定因素，能用来解释纵向兼并。其原因之一是当前一生产阶段的企业和后一生产阶段的企业获得的信息不同时，纵向兼并能改进这两个生产阶段的资源配置。通常后一阶段上的企业不能获得充分的有关原材料价格的信息，这种信息的不对称性限制了后一生产阶段上的企业作出有效的关于生产中投入要素比例的决策。由于前续产业中原材料生产企业，比后续产业中的企业能获得更多信息，所以，后续企业显然愿意实行后向兼并，通过兼并前续企业，以便更好预测原材料价格。原因之二是需求变动的不确定性和供给的瞬时刚性共同促进了纵向兼并。通常，市场需求的变动是不确定的，理论上，当需求变动引起价格波动时，供给会随之调整，以达到新的供需均衡。但实际上，价格的调整并不象理论假设的那样在瞬间完成，供给则更不可能按市场价格在瞬间调整完毕以满足需求，也就是说，价格、供给的变动具有时滞，具有一个动态调整过程，不可能在瞬间完成。因此，在任何时期的市场中，需求可能不等于供给，相对于需求来说，供给可能不足或过度。在某一时刻，消费者可能买不到某种商品，而生产者也可能承担因生产过多而卖不出去的风险。通过兼并投入品生产厂商，就可以降低投入品供给中的不确定因素。

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