企业合并涉及的税收主要有两大块：一块是被合并方的税务处理;另一块是合并方的税务处理，并且税务处理的难点是所得税问题。

(一)被合并方的税务处理被合并方的税务处理问题是指在企业合并中被合并企业向合并企业转移各类资产所涉及的税务问题。在这里最重要的是要明确企业合并中资产的转移不同于一般情况下资产的买卖，因为企业合并是企业整体产权的转移，并不是单项资产的买卖。现区分不同资产类型加以讨论。转移不动产的，对于被合并企业来说，免征营业税和土地增值税。根据财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中，暂免征收土地增值税。关于印花税，因为印花税税目为列举税目，如果是单纯的合并协议，则不要贴花;企业合并中涉及到的财产所有权等转让合同，需要贴花。转移资产为设备和存货的，根据《增值税暂行条例》及其实施细则的规定，增值税的征收范围为销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进出口货物，在企业合并中，被合并企业企业动产转让到合并企业，不是合并企业购买被合并企业动产的行为，不存在销售行为缴纳增值税。因此，合并环节不缴纳增值税。转移的资产为无形资产的，被合并企业除在书立、领受有关经济凭证时可能涉及印花税外，一般无其他税收。关于被合并企业的企业所得税问题，要区别应税合并和免税合并。

根据国家税务总局《关于企业合并、分立业务有关所得税问题的通知》的规定，合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金、有价证券和其他资产(以下简称非股权支付额)，不高于所支付的股权票面价值(或支付的股本的账面价值)20%的，经税务机关审核确认，当事各方可选择按下列规定进行所得税处理：

1、被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并企业合并以前的全部企业所得税纳税事项由合并企业承担，以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。

2、被合并企业的股东以其持有的原被合并企业的股权(以下简称旧股)交换合并企业的股权(以下简称新股)，不视为出售旧股，购买新股处理。被合并企业的股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定。但未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有的旧股的转让收入，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税。

3、合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。除此以外，通常情况下企业合并中，被合并企业应视为按公允价值转让、处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。被合并企业以前年度的亏损，不得结转到合并企业弥补。合并企业接受被合并企业的有关资产，计税时可以按经评估确认的价值确定成本。被合并企业的股东取得合并企业的股权视为清算分配。因此，在企业合并时，企业可根据具体情况选择免税合并这种合并方式，这样可起到递延纳税的效果，取得税收的时间利益。但对于由于某些原因，比如各方或某方处于享受减免税优惠期间，若选择免税合并，则所有纳税事项有合并企业承担，此时双方可能选择应税合并方式。

(二)合并方的税务处理合并方需要缴纳的税费，据合并方支付的合并对价而定。若合并方支付的对价中涉及到不动产，则应视为销售不动产，缴纳营业税、城建税、印花税、土地增值税和企业所得税;若涉及到存货和设备，也应视为销售，缴纳增值税、城建税和企业所得税。关于契税，根据《关于企业改制重组若干契税政策的通知》的规定，两个或两个以上的企业，依据法律的规定、合同的约定，合并改建为一个企业，且原投资主体存续的，对其合并后的企业承受院合并各方的土地、房屋权属，免征契税。关于印花税，根据财政部、国家税务总局《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》的规定，以合并或分立的方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。

最后在企业合并中我们还要注意三个问题：1、关联企业之间通过交换普通股实现企业合并的，必须符合独立企业之间公平交易的原则，否则，对企业应纳税所得造成影响的，税务机关有权调整。2、若企业合并业务涉及的企业不再同一省(自治区、直辖市)的，选择按照免税合并的规定进行所得税处理的，则必须报国家税务总局审核确认。3、如被合并企业的资产与负债基本相等，即净资产几乎为零，合并企业以承担被合并企业全部债务的方式实现吸收合并，不视为被合并企业按公允价值转让、处置全部资产，不计算资产的转让所得。合并企业接受被合并企业全部资产的成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。被合并企业的股东视为无偿放弃所持有的旧股。