已经确权的土地有纠纷的解决办法如下：

1、协商处理。土地争议产生后在自愿互谅的基础上，依照法律的规定直接进行协商；

2、政府处理。当事人协商不成的由人民政府处理。两个个人或者个人与单位之间的争议，由乡级人民政府处理。两个单位之间的争议由县级人民政府处理。人民政府裁决申请后会对当事人先进行调解，调解不成的进行行政裁决。行政裁决须以人民政府的名义并出具处理决定书，该决定书加盖人民政府处理土地所有权和使用权争议的专用章；

3、提起诉讼。土地纠纷双方对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定之日起30日内，向人民法院起诉。

征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。

征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。

土地确权的程序

一是制定工作计划或者方案、成立工作机构、收集整理承包农户承包地登记基本信息，形成信息化数据。

二是根据农户承包地登记基本信息和基础工作底图，入户实地进行承包地块权属调查，由农户签名捺印予以确认。

三是按照农村承包土地调查技术规范、农村土地承包经营权证书和承包地块编码规则，对承包地块进行测量绘图、标注编码、面积，形成农户承包土地地籍草图。

四是由土地承包经营权登记工作组审核地籍草图后，在村（组）进行公示。公示无异议的，由农户签字确认，由村、组上报（镇）人民政府。

五是县级农村土地承包管理部门，按照统一的农村土地承包经营权登记簿（样本）格式，建立农村土地承包经营权登记簿，进行权属确认登记。依照登记簿内容，填写《农村土地承包经营权证》。

六是县级农村土地承包管理部门应当根据确权登记颁证过程中形成的影像、图表和文字等材料，按照统一的标准建立农村土地承包信息数据库和农村土地承包管理信息系统，实现农村土地承包管理信息化。

《中华人民共和国土地管理办法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。

依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。