普通合伙企业的缺点：1、无限连带责任。无限连带责任可以说是普通合伙企业最大的缺点，当合伙企业的财产不足以清偿债务时，任何一个合伙人都有义务以其个人全部财产对企业债务承担无限清偿责任。哪怕合伙人已经退伙了，他仍然要对退伙前企业的债务承担无限连带责任。而公司股东只以出资额为限对公司债务负责，所以公司需要交纳高额的税款也是有其道理的。2、继承困难。普通合伙企业是以合伙人为基础设立的企业，合伙人死亡后，其继承人对合伙企业中的财产份额享有合法继承权，但如果继承人想成为合伙人，则需要按照合伙协议的约定或者经全体合伙人一致同意，方可从继承开始之日起，取得该合伙企业的合伙人资格。否则继承人只能继承合伙企业退还的合伙人财产份额。而公司股权则可直接继承，不需要经过他人的同意。3、普通合伙企业取得的投资收益和所投资企业用未分配利润、盈余公积转增股本，法人合伙人不能如有限公司股东一样，作为税后收益，免征所得税；同时，合伙企业的经营亏损，法人合伙人不能用合伙企业的亏损抵减其营利、在所得税前扣除。4、普通合伙企业未明确可以作为重组当事人，享受特殊重组递延纳税优惠。5、普通合伙企业以非货币资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，不能如居民企业可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。

普通合伙企业如何纳税

个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。

前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。

《中华人民共和国合伙企业法》

第十四条设立合伙企业，应当具备下列条件：（一）有二个以上合伙人。合伙人为自然人的，应当具有完全民事行为能力；（二）有书面合伙协议；（三）有合伙人认缴或者实际缴付的出资；（四）有合伙企业的名称和生产经营场所；（五）法律、行政法规规定的其他条件。

第十五条合伙企业名称中应当标明“普通合伙”字样。