1、无限连带责任。无限连带责任可以说是普通合伙企业最大的缺点，当合伙企业的财产不足以清偿债务时，任何一个合伙人都有义务以其个人全部财产对企业债务承担无限清偿责任。哪怕合伙人已经退伙了，他仍然要对退伙前企业的债务承担无限连带责任。而公司股东只以出资额为限对公司债务负责，所以公司需要交纳高额的税款也是有其道理的。

2、继承困难。普通合伙企业是以合伙人为基础设立的企业，合伙人死亡后，其继承人对合伙企业中的财产份额享有合法继承权，但如果继承人想成为合伙人，则需要按照合伙协议的约定或者经全体合伙人一致同意，方可从继承开始之日起，取得该合伙企业的合伙人资格。否则继承人只能继承合伙企业退还的合伙人财产份额。而公司股权则可直接继承，不需要经过他人的同意。

3、普通合伙企业取得的投资收益和所投资企业用未分配利润、盈余公积转增股本，法人合伙人不能如有限公司股东一样，作为税后收益，免征所得税；同时，合伙企业的经营亏损，法人合伙人不能用合伙企业的亏损抵减其营利、在所得税前扣除。

4、普通合伙企业未明确可以作为重组当事人，享受特殊重组递延纳税优惠。

5、普通合伙企业以非货币资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，不能如居民企业可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。

一、合伙注册公司法人占多少股份

根据《公司法》规定，法人是具有独立承担责任能力的公司，法定代表人可以不是股东，所以可以不占公司股份。

合伙企业是指由各合伙人订立合伙协议，共同出资，共同经营，共享有收益，共担风险，并对企业债务承担无限连带责任的营利性组织。合伙企业分为普通合伙企业和有限合伙企业。

合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依照《中华人民共和国合伙企业法》在中国境内设立的，由两个或两个以上的自然人通过订立合伙协议，共同出资经营、共负盈亏、共担风险的企业组织形式。

合伙企业一般无法人资格，不缴纳企业所得税，缴纳个人所得税。类型有普通合伙企业和有限合伙企业。其中普通合伙企业又包含特殊的普通合伙企业。

国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性事业单位、社会团体不得成为普通合伙人。

合伙企业可以由部分合伙人经营，其他合伙人仅出资并共负盈亏，也可以由所有合伙人共同经营。