公司合并涉及公司、股东和债权人等相关人的利益，应当依法进行。根据《公司法》的规定，公司合并办理程序通常如下：

1、董事会制订合并方案。

2、签订公司合并协议。公司合并协议是指由两个或者两个以上的公司就公司合并的有关事而订立的书面协议。协议的内容应当载明法律、法规规定的事项和双方当事人约定的事项，一般来说应当包括以下内容：

(1)公司的名称与住所。这里所讲公司的名称与住所包括合并前的各公司的名称与住所和合并后存续公司或者新设公司的名称与住所。公司名称应当与公司登记时的名称相一致，并且该名称应当是公司的全称;公司的住所应当是公司的实际住所即总公司所在地。

(2)存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。

(3)合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法。

(4)合并各方所有的债权、债务的处理方法。

(5)存续公司的公司章程是否变更，公司章程变更后的内容，新设公司的章程如何订立及其主要内容。

(6)公司合并各方认为应当载明的其他事项。

3、编制资产负债表和财产清单。资产负债表是反映公司资产及负债状况、股东权益的公司要的会计报表，会计合并中必须编制的报表。合并各方应当真实、全面地编制此表，以反映公司的财产情况，不得隐瞒公司的债权、债务。此外，公司还要编制财产清单，清晰地反映公司的财产状况。财产清单应当翔实、准确。

4、合并决议的形成。公司合并应当由公司股东会或者股东大会作出合并决议，之后方进行其他工作。公司合并会影响到股东利益，如股权结构的变化。根据《公司法》第四十四条、六十条和第一百零三条的规定，就有限责任公司来讲，其合并应当由股东会作出特别决议，即经代表三分之二以上表决权的股东通过才能进行;就股份有限公司来讲，其合并应当由公司的股东大会作出特别决议，即必须经出席会议的股东所持表决权三分之二以上决议通过才能进行;就国有独资公司来讲，其合并必须由国有资产监督管理机构决定，其中，重要的国有独资公司合并应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准，才能进行。

5、向债权人通知和公告。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日在报纸上公告。一般来说，对所有的已知债权人应当采用通知的方式告知，只有对那些未知的或者不能通过普通的通知方式告知的债权人才可以采取公告的方式。通知和公告的目的主要是告知公司债权人，以便让他们作出决定，对公司的合并，是否提出异议，此外，公告也可以起到通知未参加股东会(股东大会)的股东的作用。

6、合并登记。合并登记分为解散登记和变更登记。公司合并以后，解散的公司应当到工商记机关办理注销登记手续;存续公司应当到登记机关办理变更登记手续;新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。公司合并只有进行登记后，才能得到法律上的承认。

二、公司合并时员工保护有哪些?

依据《中华人民共和国劳动法》规定，公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。对员工实行补偿通常有以下几种方式：

1、现金支付形式

现金支付形式就是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿金，对于现金流充裕的企业来讲，这种方式是可以接受的，而且是一次性解决，没有为改制后的企业留下什么后遗症，但是这种方式将极大的侵占企业的资金流，降低了企业抵御风险的能力，使得企业很容易陷入危机之中。

2、股权支付形式

股权支付形式就是直接将企业的净资产以经济补偿金的方式落实到每个员工上，企业改制后，形成员工对于改制后企业占有的股权。虽然这种方式在相关文件政策上是允许的，但是在操作中却有两个明显障碍，首先是由于《公司法》对于公司股东人数的限制，使得员工持股的人数受到限制，同时由于员工持股会等持股载体的组建已经很难再得到有关部门的审批，那么员工以何种身份、方式持股是首先需要解决的问题;其次员工集体持股方式在大多数地方已经行不通，地方政府更多的希望由原来企业的经营层绝对控股改制后企业，不支持所有员工共同持股。因此，从以上两点看，以股权形式支付员工经济补偿金也不是一种很好的办法。

3、债权支付形式

如果改制企业的支付能力比较差，为了缓解支付改制成本给企业生产经营带来的压力，可以将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，同时减少相应的企业净资产。企业改制后，员工持有改制后企业的债权，并根据相应的规定和条件获得清偿。改制企业以债权形式支付员工经济补偿金，一定要获得上级主管部门和政府的批准，以避免改制后违反《会计法》和《税法》的风险。