我在一家大型私营的企业上班，肇事者逃跑了，现在我在医院，我该怎样保护我的合法权益，算不算工伤呢？

员工在申请工伤时一定需要交通事故责任判定书，而员工私了理论上是无法认定工伤的。而员工在工伤的劳动能力鉴定是不需要公证书的，在获得劳动能力鉴定之后是需要申请工伤待遇审核。向社保中心申请伤残补助金。工伤流程进行处理：1、及时送往医院治疗。2、申请工伤认定，由单位或者个人向当地劳动部门申请，认定为工伤。3、申请劳动能力鉴定，在员工治疗完毕或者达到一定医疗期之后向市级劳动能力鉴定委员会申请工伤鉴定，判定伤残等级。4、待遇审核，员工或者单位根据医院的治疗发票、工伤认定书、劳动能力鉴定书等想社保中心申请待遇审核，下发工伤待遇，包括医疗费用以及伤残补助费用。5、如果员工需要解除劳动关系，有伤残员工可以享受一次性就业补助金和一次性医疗补助金的待遇。依据《工伤保险条例》第十七条　职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。第二十三条　劳动能力鉴定由用人单位、工伤职工或者其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。