两者在建造主体、是否受到法律保护、取得方式等方面存在不同。集资房实行政府、单位、职工个人这三方面共同承担建房成本，通过各方筹措本金进行房屋建设，直接分配而不通过市场购买的一种房屋，改变住宅建设由国家和单位包的传统制度。小产权房，是指在农民集体土地上建设的房屋，并且未缴纳土地出让金等费用，因此其产权证不是由国家的房管部门颁发，而是由乡政府或村委会颁发，不受法律保护，所以叫做“乡产权房”，又叫“小产权房”。

集资房和商品房有什么区别？

1．一般由国有单位出面组织并提供自有的国有划拨土地用作建房用地，国家给予减免部分税费，由参加集资的职工部分或全额出资建设，房屋建成后归职工，不对外出售。产权也可以归单位和职工共有，在持续一段时间后过渡为职工个人，属于经济适用房的一种。如果产权已完全过户到职工手中可以买卖，卖方需要比商品房多交1％的土地出让金，这样买方买到手后也就是商品房了。而如果产权未完全过户到职工手中，那么需要该职工与其所在单位协商，让其职工完全拥有此产权否则不得过户。2．集资房则是通过单位、社会团体组织、住宅合作社来组织建设的，主要是为了解决单位和社会团体组织既定范围的中低收入家庭的住宅问题，采用的是先集资后建房的形式，是一种非市场行为，不存在买卖与经营关系。

根据《经济适用住房管理办法》规定：

第三十四条距离城区较远的独立工矿企业和住房困难户较多的企业，在符合土地利用总体规划、城市规划、住房建设规划的前提下，经市、县人民政府批准，可以利用单位自用土地进行集资合作建房。参加单位集资合作建房的对象，必须限定在本单位符合市、县人民政府规定的低收入住房困难家庭。

第三十五条单位集资合作建房是经济适用住房的组成部分，其建设标准、优惠政策、供应对象、产权关系等均按照经济适用住房的有关规定严格执行。单位集资合作建房应当纳入当地经济适用住房建设计划和用地计划管理。

第三十六条任何单位不得利用新征用或新购买土地组织集资合作建房；各级国家机关一律不得搞单位集资合作建房。单位集资合作建房不得向不符合经济适用住房供应条件的家庭出售。