在处理主合同与保证合同在诉讼时效的关系问题上，应当以主从关系为原则，以各自独立为补充：

一、讼时效的中断问题。主债务诉讼时效中断是否导致保证债务诉讼时效中断，区分一般保证和连带保证的后果是不同的。在一般保证的情况下，由于债权人必须首先向债务人提起诉讼或者申请仲裁，而不能单独起诉保证人，债权人一旦通过上述方式主张权利，主合同的诉讼时效中断。此时，根据规定，保证期间的作用已经消灭，诉讼时效制度开始起作用。如果此时保证债务的诉讼时效不中断，经过长时间的诉讼或者仲裁后，债权人对保证人的诉讼时效很可能超过，对债权人未免不公平。因此，主债务诉讼时效中断，保证债务的诉讼时效亦应中断。而在连带保证责任时，情况则有所不同。在主合同履行期届满后，债权人可以要求债务人履行，也可以直接要求保证人履行。此时，与一般保证责任相比，连带保证责任具有很大的独立性，债权人可以直接向保证人主张权利。一旦债权人向保证人主张权利，则产生两方面的效力，一是保证期间归于消灭；二是诉讼时效开始发挥作用，并开始计算诉讼时效。因此，主债务的诉讼时效中断，并不必然导致保证债务诉讼时效的中断。

二、诉讼时效的中止问题。诉讼时效的中断原因，往往是由于当事人的行为，即由于当事人的行为(如债务人起诉、提出要求、或者债务人同意履行义务)而产生。因而，对于诉讼时效的中断问题，应当根据债权人是否有可能行使权利，其是否真正行使权利而有所不同。而诉讼中止，则是因非当事人所能控制的客观原因而产生，如因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权。因此，无论对于主债务还是保证债务均应一律对待，主债务诉讼时效中止，保证债务的诉讼时效也应同时中止。

综上，为了正确把握保证合同的诉讼时效，作为债权人和人民法院在实践中应注意以下几点：

1、注意保证期间，保证期间与诉讼时效虽然均是要求债权人行使自己权利的期间，但保证期间通常短于诉讼时效，如果债权人在保证期间内没有行使自己的权利，则会丧失胜诉权。

2、注意保证合同的诉讼时效，债权人为了达到使保证人切实履行保证义务的目的还必须在诉讼时效内起诉保证人。此时应注意保证期间的结束点，即诉讼时效的起算点。就一般保证来说，其诉讼时效的起算点为债权人向债务人提起诉讼或者申请仲裁之日；就连带保证来说，其诉讼时效的起算点为债权人向保证人提出履行保证责任之日。

3、注意主合同诉讼时效对保证合同诉讼时效的影响，在保证合同诉讼时效的起算点确定之后，决定保证人是否承担责任的关键在于保证合同的诉讼时效是否因主合同的诉讼时效的中止、中断而发生变化。

《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《民法典》第一百九十五条有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：

(一)权利人向义务人提出履行请求；

(二)义务人同意履行义务；

(三)权利人提起诉讼或者申请仲裁；

(四)与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。